Figlio di Joseph, insegnante. Celibe. Compositore di Lieder e insegnante di musica, dal 1711 fu membro del Collegium musicum del capitolo cittadino e dal 1715 di quello della scuola ted. di Zurigo. Ammesso a coprire cariche ecclesiastiche nel 1719, nel 1720 divenne cantore nelle scuole di lat. del Grossmünster e del Fraumünster. Dal 1739 fu maestro di cappella alla scuola ted., dal 1742 cantore del Grossmünster e direttore del Collegium musicum del capitolo. Il suo Musicalisches Hallelujah, ampia raccolta di canti (in gran parte a tre voci), espressamente destinati all'esecuzione privata, fu pubblicato in undici edizioni fra il 1727 e il 1803; diverse sue composizioni fanno parte di raccolte di canti tuttora in uso. Nel 1759 compose una passione, Der für die Sünden der Welt gemarterte und sterbende Jesus, su testo di Barthold Hinrich Brockes.
Fonte della biografia: Nicole, Kurmann: "Bachofen, Johann Caspar", in: Historisches Lexikon der Schweiz (HLS), Version vom 21.11.2001. Online: Link [08.09.2020].