Martin Merker erhielt seinen ersten Musikunterricht im Alter von fünf Jahren. Er studierte Violoncello bei der russischen Cellistin Prof. Karine Georgian an der Musikhochschule Detmold, danach an der Musikakademie Basel bei Reinhard Latzko und Ivan Monighetti, wo er 1994 das Konzertreifediplom ablegte. Er wurde zweimal erster Preisträger internationaler Kammermusikwettbewerbe (Moncalieri 1993 und Tortona 1994). Ein Stipendium des DAAD ermöglichte ihm 1994/95 einen einjährigen Studienaufenthalt in Barcelona bei Lluis Claret. Seit dem Jahr 1987 ist Martin Merker Cellist des bei internationalen Wettbewerben mehrfach ausgezeichneten Offenburger Streichtrios, dessen Konzertreisen ihn in viele Länder Europas, nach Südamerika und Asien führten. Er Mitglied der Camerata Bern und Solocellist des Aargauer Sinfonieorchesters. Vielseitige Tätigkeit als Kammermusiker, Solist, Gastdozent und Musikrezensent. Einige zeitgenössische Komponisten widmeten ihm ihre Werke (z.B. Manfred Weiss, Liduino Pitombeira, Erkki Palola, Meinrad Schütter).